Η χρήση του φυσικού κύκλου στην εξωσωματική γονιμοποίηση έχει το πλεονέκτημα της αποφυγής χρήσης φαρμάκων παράλληλα με την ελαχιστοποίηση της εμφάνισης πολλαπλής εγκυμοσύνης. Η επιλογή των ασθενών γίνεται πάντα πολύ αυστηρά μετά από ενημέρωση του υπεύθυνου ιατρού της Μονάδας. Η παρακολούθηση των ασθενών γίνεται όπως και στα κλασσικά πρωτόκολλα ελεγχόμενης ωοθηκικής διέγερσης, μόνο που εδώ παρακολουθείται ένα φυσιολογικά ωριμάζoν ωάριο. Η τελική ένεση hCG χορηγείται μόλις το ωοθυλάκιο φθάσει τα 18 χιλιοστά και 34-36 ώρες μετά ακολουθεί η πραγματοποίηση της ωοληψίας. Το ζευγάρι ωστόσο θα πρέπει να είναι ενημερωμένο ότι υπάρχουν αυξημένες πιθανότητες να μην καταστεί δυνατή η πραγματοποίηση της εμβρυομεταφοράς λόγω αδυναμίας ανεύρεσης του ωαρίου, αδυναμία γονιμοποίησης του ωαρίου ή κακής ποιότητας του εμβρύου.